Você pode tentar abrir novamente os quadros do vídeo e tentar salvar sem mexer nos frames, se não buga mesmo. Tente: Arquivo>Importar>Quadros de vídeo para camadas... E abre o vídeo no PS novamente. Após isso, você irá em Arquivo>Salvar para Web... E arruma as configs do jeito que você preferir, só não esqueça de colocar no looping sempre, mas antes de salvar não mexa nos frames, porque quando ocorreu comigo eu só tentei salvar novamente sem mexer nos frames e deu certo.
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