O meu problema é um tanto chato. Eu tenho dois PCs, o principal para jogos e o secundário, um Netbook, para navegação. Consequentemente, possuo dois monitores para cada um, e os dois PCs estão conectados por um programa que me permite usar ambos com um único mouse e teclado. Só tenho um simples porém maldito problema, sempre que alterno de um PC ao outro passando o mouse até a borda, o jogo do PC principal minimiza! O programa que uso é o Mouse Without Borders, existe algum método de deixar o jogo sem minimizar quando perder o foco? Creio que o problema seja o seguinte: quando alterno entre PCs a janela do jogo perde foco e ele minimiza automaticamente. Existe um modo de burlar isso? É um problema que me tormenta!
Vai na tua .minecraft, procura o arquivo options.txt. Abre o arquivo e localiza a frase "pauseOnLostFocus:true", troca o valor "true" por "false".
Isso é muito específico... De qualquer forma eu já resolvi o caso, apliquei a opção "ALL PC MODE" no Mouse Without Borders, desta forma o mouse e teclado controla todos os PCs, e nenhum perde o foco.